Mikrobiomanalyse/ Artsbestemmelse
Spennende ny teknologi gir merverdi
Mikrobiomet betegner alle mikroorganismer (bakterier og sopp) som finnes i en gitt prøve eller et produkt. Metoden er basert på DNA-sekvensering av 16S rRNA genet (bakterier) eller ITS regionen (mugg og gjær) og identifiserer mikroorganismen ned til artsnivå.
Next-generation-sequencing gjør det mulig å analysere både enkeltkolonier på agarskål, men også komplekse bakterie- eller sopp-populasjoner i f.eks. mat- og miljøprøver.
Vår erfaring er at DNA-baserte metoder har en større sannsynlighet å identifisere mikroorganismer på artsnivå sammenlignet med andre metoder for artsbestemmelse (f.eks. MALDI-TOF). MALDI-TOF kan dessuten kun identifisere en enkel koloni for hver analyse. Med Oxford Nanopore bruker vi det nyeste innen sekvenseringsteknologien som gjør det mulig å sekvensere det komplette 16S-rRNA genet for en sikrere identifikasjon.
Mikrobiomanalyse har et bredt spekter av anvendelser og noen eksempler er gitt nedenfor.
Identifisere mikroorganismer som vokser på en agarskål eller petrifilm
Rask identifikasjon av alle mikroorganismer som er tilstede på skål eller petrifilm uten tidkrevende og kostbar rendyrkning av enkeltisolater.
Kartlegge mikroflora i produkt ved holdbarhetsforsøk
Mikrobiomanalyse av ferdigvare ved ulike tidsintervaller i et holdbarhetsforsøk gir informasjon om relativt mengdeforhold av mikroorganismer i produktet ved angitt analysetidspunkt.
Verktøy i problemløsning ved kvalitetsavvik
Mikroorganismer kan endre utseende, lukt, tekstur eller farge av en matvare. Noen ganger kan det være vanskelig å vite hvordan man skal tilnærme seg et slikt kvalitetsavvik i en matvare. Her kan mikrobiomanalyse være et første steg i utredningen. Analysen vil gi en oversikt over alle bakterie- og sopparter som dominerer i matvaren.
Identifisere mikroorganismer i en miljøprøve
Mikrobiom-analyse av en miljøprøve (Svaber/klut) kan gi svar på hvilke mikroorganismer som er tilstede i et gitt prøvepunkt i produksjonsmiljøet, også mikroorganismer som ikke er dyrkbare ved standard dyrkningsmetoder, for eksempel visse typer psykrofile mikroorganismer.