Hva hvis... 

• Du kunne spore patogene bakterier i råvarer fra den andre siden av verden, gjennom eget produksjonsmiljø og helt frem til ferdig produkt?
• Du kunne bruke kunnskap om bakterieisolater fra eget produksjonsmiljø for å forutsi egenskaper som virulens og motstandsdyktighet mot kjemikalier og på den måten målrette innsatsen for å bli kvitt problemet? 
• Du kunne spore kryssforurensning i eget produksjonsmiljø, avgjøre om du har uønskede «husstammer» og bruke denne kunnskapen til å forbedre egen HACCP? 
• Du kunne benytte offentlige databaser for å sammenlikne egne bakteriefunn med isolater fra hele verden? 
• Myndighetene kunne avdekke og koble sammen matbårne utbrudd nasjonalt og internasjonalt?

DNA- sekvensering til bruk i næringsmiddelindustrien

Kontaminering av matvarer med sykdomsfremkallende mikroorganismer kan forårsake alvorlige problemer for produksjonsbedrifter. Det kan føre til tilbakekallinger av produkter eller, enda mer alvorlig, matbårne utbrudd. Lavere kostnader og kortere analysetider gjør DNA sekvensering mer og mer attraktiv innen næringsmiddelmikrobiologi. Helgenomsekvensering kan kartlegge arvematerialet til alle organismer og gir innovative analytiske løsninger, spesielt innen mattrygghet og matkvalitet.

Hva kan du få svar på?

Ved hjelp av helgenomsekvensering sammenligner man arvematerialet til ulike bakterieisolater. Helgenomsekvensering av mikroorganismer brukes for å finne ut hvor nært slektskapet er mellom de ulike funnene. På denne måten kan helgenomsekvensering bidra til å finne svar på spørsmål som:

• Er forurensningen funnet på tvers av produksjonsanlegget?
• Eller er det enkeltstående funn?
• Stammer alle forurensningene fra samme kilde eller er flere kilder involvert?
• Kommer stammen inn med en spesiell råvare? Har stammen vært i anlegget tidligere?

Man kan også avdekke hvilke antimikrobielle resistens- og virulensfaktorer som er tilstede i stammene man analyserer. Dette er viktige opplysninger som vil styrke bedriftens risikovurderinger og HACCP-arbeid. Og sist men ikke minst; Er forurensning involvert i et pågående utbrudd?

DNA PathoTracker™

Vårt dataverktøy DNA PathoTracker™ hjelper bedriften å visualisere resultatene fra helgenomsekvensering og gjør det enkelt å se hvor i produksjonsanlegget bakteriestammene er funnet og hvordan disse funnene henger sammen. Ved å samle funn i produksjonslokalet over tid har bedriften i tillegg muligheten til å lage en database over alle stammene. DNA PathoTracker™ kan da også kartlegge hvor stammer befinner seg i anlegget over tid, noe som betyr at man kan se hvordan en stamme beveger seg i produksjonen. Ved å kartlegge hvilke patogene stammer som befinner seg i produksjonslokalet kan tiltak settes i gang raskt, fordi kilden til forurensingen kan identifiseres på et tidlig stadium. Helgenomsekvensering gjør det mulig for industrien å løfte sine mikrobiologiske analyser opp til et moderne analytisk nivå og dermed minske kostnader ved å sette inn mer målrettede tiltak raskere.

Hva betyr begrepene?

Sekvensering
Bestemmelse av rekkefølgen av basene i DNA: adenin (A), cytosin (C), guanin (G), thymin (T)

DNA
Molekyl som danner arvestoffet i alle celler. Forkortelse for desoxyribonukleinsyre på engelsk (deoxyribonucleic acid).

Fylogenetisk tre
Måte å illustrere slektskap mellom ulike arter. Den vanligste måten å konstruere slektskap på er å sammenlikne arters DNA. Arter med få forskjeller mellom basene i DNAet er nærmere beslektet med hverandre enn arter med flere forskjeller i DNAet.

Antimikrobielle resistens
Mikroorganismens evne til å motstå effekten av antimikrobielle midler, altså midler som skal drepe eller hemme veksten av bakterier, sopp eller virus (feks.ulike desinfeksjonsmiddel eller antibiotika).

Banebrytende teknologi som endrer mattryggheten

Les fagartikkel om hvordan helgenomsekvensering har revolusjonert vår evne til å bekjempe matbårne sykdommer ved å endre måten vi tenker rundt overvåking, utbruddsdeteksjon og respons.

LES MER

Virulensfaktorer
Virulens er en mikroorganismes evne til å fremkalle sykdom. Virulensfaktorer avgjør hvor sykdomsfremkallende mikroorganismen er. Eksempler på virulensfaktorer er evne til å feste seg på og invadere vev, spredningsevne, toksinproduksjon og interaksjon med og eventuell ødeleggelse av vertscellen og vertens immunforsvar. (Fra store medisinske leksikon)

Genom
Komplett arvematerial til en organisme

	Klassisk DNA-typing (f.eks. MLVA)	Helgenomsekvensering
Mikrorganisme	Listeria monocytogenes	Hele genomet
Oppløsningsevne	MLVA har bedre oppløsning enn serotyping	Oppløsning ned mot enkeltmutasjoner
Bruksområde	Overvåking av patogenkontaminering Utbruddoppklaring	Overvåking av patogenkontaminering Utbruddoppklaring Metagenom analyse Microbiota screening Autentisitetskontroll